Ondokuz Mayıs Üniversitesi, 1 Nisan 1975 tarihinde 1873 sayılı Kanun'la kurulmuş ve ilk olarak 50 öğrenci ile eğitim-öğretime başlamıştır. 1973 yılında Hacettepe Üniversitesine bağlı olarak kurulan Samsun Tıp Fakültesi, 1873 sayılı Kanun'un 2. maddesi uyarınca yeni kurulan Ondokuz Mayıs Üniversitesine bağlanmıştır. Bu Yasa'nın 3. maddesi gereğince de ikinci fakülte olarak Fen ve Mühendislik Fakültesi, üçüncü fakülte olarak Yükseköğretim Kurulunun 31 Ağustos 1976 tarih ve 11.5/0 sayılı kararı ile Ziraat Fakültesi kurulmuştur.
2547 sayılı Yükseköğretim Kanununun geçici 28. maddesi gereğince 20 Temmuz 1982 tarihinde çıkarılan Yükseköğretim Kurumları Teşkilatı Hakkındaki, 41 sayılı Kanun Hükmündeki Kararname ile Milli Eğitim Bakanlığına bağlı yükseköğretim kurumlarının bazıları üniversitemize bağlanmış ve yeniden teşkilatlandırılmıştır. OMÜ, 2809 sayılı Kanun'un 27. maddesinin (c), (d) ve (e) bentleri 3837 sayılı Kanun'un 18 ve ek 29. maddesi ile yeniden şekillendirilmiştir.
Ondokuz Mayıs Üniversitesi bünyesinden ayrılan bazı birimler 4 ildeki 4 üniversiteye çekirdek teşkil etmiştir: Amasya Eğitim Fakültesi, Amasya Fen Edebiyat Fakültesi, Mesleki ve Teknik Eğitim Fakültesi ve Mimarlık Fakültesi, Amasya Sağlık Yüksekokulu, Amasya ve Merzifon Meslek Yüksekokulları 17 Mart 2006 tarih ve 26111 sayılı Resmî Gazete'de yayımlanan 4567 sayılı Kanun'la kurulan Amasya Üniversitesine bağlanmıştır. Ordu Fen Edebiyat Fakültesi, Ünye İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi ve Fatsa Deniz Bilimleri Fakültesi, Ordu Sağlık Yüksekokulu, Mesudiye, Ünye ve Fatsa Meslek Yüksekokulları 17 Mart 2006 tarih ve 26111 sayılı Resmî Gazete'de yayımlanan 4567 sayılı Kanun'la kurulan Ordu Üniversitesi’ne bağlanmıştır. Sinop Su Ürünleri Fakültesi, Sinop Fen Edebiyat Fakültesi, Sinop Eğitim Fakültesi, Boyabat İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi, Sinop Sağlık Yüksekokulu, Sinop, Boyabat, Gerze ve Ayancık Meslek Yüksekokulları 29 Mayıs 2007 tarih ve 26536 sayılı Resmî Gazete'de yayımlanan 5662 sayılı Kanun'la kurulan Sinop Üniversitesine bağlanmıştır. Son olarak Havacılık ve Uzay Bilimleri Fakültesi, Sivil Havacılık Yüksekokulu ve Kavak Meslek Yüksekokulu Ondokuz Mayıs Üniversitesi'nden 2018 yılında Samsun Üniversitesi'ne devredilmiştir.
